Nach der Markierung der cDNA kann das Untersuchungsmaterial auf die Chip-Oberfläche aufgetragen werden. Dieses Gemisch aus cDNA-Kopien der gesamt vorhanden gewesenen RNA wird auch als "target" (Ziel-DNA) bezeichnet. Auf dem Chip befinden sich tausende von DNA-Sonden ("probes"), wobei eine DNA-Sonde jeweils aus zahlreichen Kopien eines Gen-Bruchstücks besteht. Wenn im Untersuchungsmaterial markierte cDNA vorhanden ist, die eine komplementäre Sequenz zu einer auf dem Chip fixierten DNA-Sonde aufweist, lagert sie sich an dieser Stelle an (Hybridisierung).

Microarray-Hybridisierungsmaschine (Bild FGCZ) mehr